Balıkesir Üniversitesinin temeli 1910 yılında kurulan Karesi Muallim Mektebine kadar uzanır. Bu okul dönemin Milli Eğitim Bakanı Mustafa Necati Bey’in özel ilgileri ile 1932 yılında bugün Necatibey Eğitim Fakültesi olarak faaliyet gösteren binaya taşınmış, Necatibey Öğretmen Okulu adını almıştır. Necatibey Öğretmen Okulu 1932 - 1982 yılları arasında Necatibey Eğitim Enstitüsü adıyla öğretmen yetiştirmeye devam etmiş; 1981 yılında üç yıllık statüsünden çıkarılarak, 4 yıllık “Yüksek Öğretmen Okulu” statüsüne alınmış; 1982 yılında da Uludağ Üniversitesine bağlanarak bu kuruma Necatibey Eğitim Fakültesi ismi verilmiştir.

Aynı şekilde 1982 yılındaki 41 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile Balıkesir’de yer alan diğer yükseköğretim kurumlarından; Balıkesir İşletmecilik ve Turizm Yüksekokulu, Balıkesir Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu ismiyle; Balıkesir Devlet Mühendislik ve Mimarlık Akademisi de, Balıkesir Mühendislik Fakültesi ismiyle Uludağ Üniversitesine bağlanmıştır. Uludağ Üniversitesine bağlanan diğer kurum olan Balıkesir Meslek Yüksekokulu ise faaliyetlerine aynı isimle devam etmiştir. Uludağ Üniversitesinin çatısı altında on yıl kalmış olan bu kurumlar, sağlıklı ve istikrarlı bir gelişme ile Balıkesir Üniversitesi için güçlü bir alt yapı oluşturmuştur.

Balıkesir Üniversitesi, 11 Temmuz 1992 tarih ve 21281 sayılı Resmi Gazete’de yayınlanan 3837 sayılı kanun gereğince kurulmuş olup; 1 Ocak 1993 tarihinde tüzel kişilik kazanmıştır.

Balıkesir Üniversitesi'nin bünyesinde bulunan Mühendislik-Mimarlık Fakültesi Bakanlar Kurulu kararı ile 8 Mart 2016 tarihinde kapatılarak Mühendislik Fakültesi ve Mimarlık Fakültesi olmak üzere iki ayrı fakülteye ayrılmıştır.[2]

Her yıl düzenlenmek üzere 2019 yılında 1.si düzenlenen bilim ve teknoloji fuarıdır. Öğrenciler tarafından dönem içerisinde geliştirilen projeler yer alır ayrıca ülkedeki önemli teknoloji firmalarının katılımı sağlanır. Ek olarak konuşmacıların katılımıyla panellerin düzenlendiği de görülebilir.

Üniversitenin Sağlık, Kültür ve Spor Daire Başkanlığı bünyesindeki IEEE BAUN tarafından “Kadın İş Derse” başlıklı program 2016 ve 2017 yıllarında düzenlenmiştir.[4] Dünya Kadınlar Günü etkinlikleri kapsamında düzenlenen etkinliğe protokolün katılımı da yoğun olmaktadır.[5] Etkinlikte kadının iş hayatındaki yerinin önemi ve çekdiği zorluklar vurgulanmaktadır. Etkinliğin bir diğer özelliği ise görsel tasarımlarının dikkat çekici olmasıdır.

Üniversitenin en önemli topluluklarından biri olan IEEE BAUN'un Power and Energy Society (PES) komitesinin Burhaniye'de 28-29-30 Nisan 2017 tarihinde düzenlediği etkinlik Türkiye genelinde 15 farklı üniversitenin katılımıyla gerçekleşti.[6] Etkinlikte yenilenebilir enerjinin önemine dikkat çekildi. Özellikle rüzgâr enerjisinin ülkemizdeki yeri konusu ve solar panel çalışmaları en çok konuşulan konulardandı.[7] PES kampının birincisi Kıbrıs'ta yapılmıştı.[8]

17. IEEE Türkiye Öğrenci ve Genç Profesyoneller Kongresi, Türkiye'nin dört bir yanından ve dünya çapından gelen öğrencilerin yanı sıra akademisyenleri, sektörün önde gelenlerini, IEEE ve IEEE Türkiye yöneticilerini dört gece beş gün boyunca konaklamalı ağırlandığı, yılda bir kez düzenlenen 300'ü aşkın katılımcının yer aldığı uluslararası bir etkinliktir. Etkinliğe 48 üniversite katılım sağlamıştır.[9]