Transkripsiyon faktör sınıfları listesi

Transkripsiyon faktörleri çoğu zaman DNA bağlanma bölgelerindeki benzerliğe göre sınıflandırılırlar:[1][2][3]

  • 1 Üst sınıf: Bazik bölgeler (Bazik-sarmal-halka-sarmal)
AP-1/DNA kompleksinin yapısı. AP-1, Jun ve Fos transkripsiyon faktörlerinden oluşmuş bir ikilidir, ikisinin birleştiği yerde bir lösin fermuar bölgesi (mavi) oluşur; iki alfa-sarmal arasında bulunan lösin kalıntıları bir fermuarın dişleri gibi birbirlerine geçerler.
c-Myc transkripsiyon faktörünün DNA'ya bağlanmış hali, şemtaik gösterim
    • 1.1 Sınıf: Lösin fermuar faktörleri (bZIP)
      • 1.1.1 Aile: AP-1(-türü) bileşkeler; (c-Fos/c-Jun) dahildir
      • 1.1.2 Aile: CREB
      • 1.1.3 Aile: C/EBP-türü faktörler
      • 1.1.4 Aile: bZIP / PAR
      • 1.1.5 Aile: Bitki G-kutusuna bağlanan faktörler
      • 1.1.6 Aile: sade ZIP
    • 1.2 Sınıf: sarmal-halka-sarmal faktörler (bHLH)
      • 1.2.1 Aile: Her yerde bulunan (Ubiquitous) (Sınıf A) faktörler
      • 1.2.2 Aile: Myojenik transkipsiyon faktörleri (MyoD)
      • 1.2.3 Aile: Achaete-Scute
      • 1.2.4 Aile: Tal/Twist/Atonal/Hen
    • 1.3 Sınıf: sarmal-halka-sarmal / Lösin fermuar faktörler (bHLH-ZIP)
      • 1.3.1 Aile: Her yerde bulunan bHLH-ZIP faktörleri; USF (USF1, USF2); SREBP) dahildir
      • 1.3.2 Aile: Hücre döngüsü kontrol faktörleri; c-Myc dahildir
    • 1.4 Sınıf: NF-1
      • 1.4.1 Aile: NF-1 (NFIC)
    • 1.5 Sınıf: RF-X
      • 1.5.1 Aile: RF-X (NFX2, NFX3, NFX5)
    • 1.6 Sınıf: bHSH
DNA'ya bağlanmış bir çinko parmağı bölgesinin şematik resmi
  • 2 Üst sınıf: Çinko koordinasyonu yapan DNA bağlanma bölgeleri
    • 2.1 Sınıf: Cys4 Çekirdek reseptörlerinin çinko parmağı tipi
      • 2.1.1 Aile: Steroit hormon receptörleri
      • 2.1.2 Aile: Tiroit hormon reseptörü-gibi faktörler
    • 2.2 Sınıf: dçeşitli Cys4 çinko parmakları
      • 2.2.1 Aile: GATA transkripsiyon faktörleri
    • 2.3 Sınıf: Cys2His2 çinko parmağı bölgesi
      • 2.3.1 Aile: Her yerde bulunan faktörler, TFIIIA, Sp1 dahil
      • 2.3.2 Aile: DGelişimsel / hücre döngüsü düzenleyicileri; Krüppel dahildir
      • 2.3.4 Aile: NF-6B-gibi bağlanma özelliği olan büyük faktörler
    • 2.4 Sınıf: Cys6 sistein-çinko öbekli
    • 2.5 Sınıf: Dönüşümlü içerikli çinko parmaklar
  • 3 Üst sınıf: sarmal-halka-sarmal
Antennapedia homeobölge proteinin DNA'ya bağlanmış hali
    • 3.1 Sınıf: Homeo bölgesi
      • 3.1.1 Aile: Sadece Homeo bölgesi; Ubx dahildir
      • 3.1.2 Aile: POU bölgesi faktörleri; Oktamer transkripsiyon faktörü (Oct) dahildir
      • 3.1.3 Aile: LIM bölgeli Homeo bölgesi
      • 3.1.4 Aile: Homeo bölgesi ile çinko parmak motifleri
    • 3.2 Sınıf: Eşli kutu (paired box)
      • 3.2.1 Aile: Eşli ile homeo bölgesi
      • 3.2.2 Aile: Yalnızca Eşli bölge
    • 3.3 Sınıf: Fork head / winged helix
      • 3.3.1 Aile: Gelişimsel düzenleyiciler; forkhead dahildir
      • 3.3.2 Aile: Doku-spesifik düzenleyiciler
      • 3.3.3 Aile: Hücre döngüsü kontrol faktörleri
      • 3.3.0 Aile: diğer düzenleyiciler
    • 3.4 Sınıf: Isı şoku faktörleri
      • 3.4.1 Aile: HSF
    • 3.5 Sınıf: Tryptofan öbekleri
      • 3.5.1 Aile: Myb
      • 3.5.2 Aile: Ets-benzeri
      • 3.5.3 Aile: Interferon düzenleyici faktörler
    • 3.6 Sınıf: TEA bölgesi
      • 3.6.1 Aile: TEA (TEAD1, TEAD2, TEAD3, TEAD4)
  • 4 Üst sınıf: küçük oluk temaslı beta-iskele faktörleri
    • 4.1 Sınıf: RHR (Rel homoloji bölgesi)
      • 4.1.1 Aile: Rel/ankyrin; NF-kB
      • 4.1.2 Aile: yalnızca ankyrin
      • 4.1.3 Aile: NF-AT (NFATC1,NFATC2)
    • 4.2 Sınıf: STAT
      • 4.2.1 Aile: STAT
    • 4.3 Sınıf: p53
      • 4.3.1 Aile: p53
    • 4.4 Sınıf: MADS-kutusu
      • 4.4.1 Aile: Gelişim düzenleyicileri; (Mef2) dahildir
        • 4.4.2 Aile: Dış sinyal tepki verenler, SRF (serum tepki faktörü)
    • 4.5 Sınıf: beta-fıçı alpha-sarmal transkripsiyon faktörleri
    • 4.6 Sınıf: TATA bağlanma proteinleri
      • 4.6.1 Aile: TBP
      • 4.7.1 Aile: SOX, SRY
      • 4.7.2 Aile: TCF-1
      • 4.7.3 Aile: HMG2-benzeri, SSRP1
      • 4.7.5 Aile: MATA
    • 4.8 Sınıf: Heteromerik CCAAT faktörler
      • 4.8.1 Aile: Heteromeric CCAAT faktörleri
    • 4.9 Sınıf: Grainyhead
      • 4.9.1 Aile: Grainyhead
    • 4.10 Sınıf: Soğuk şoku bölgesi faktörleri
      • 4.10.1 Aile: csd
    • 4.11 Sınıf: Runt
      • 4.11.1 Aile: Runt
  • 0 Üst sınıf: Diğer transcription Faktörleri
    • 0.1 Sınıf: Bakır yumruk proteinleri
    • 0.2 Sınıf: HMGI(Y)
      • 0.2.1 Aile: HMGI(Y)
    • 0.3 Sınıf: Cep bölgesi
    • 0.4 Sınıf: E1A-benzeri faktörler
    • 0.5 Sınıf: AP-2/EREBP-ilişkili faktörler

Kaynakça
  1. Stegmaier P, Kel AE, Wingender E (2004). "Systematic DNA-binding domain Classification of transcription factors". Genome informatics. International Conference on Genome Informatics. 15 (2). ss. 276-86. PMID 15706513. 19 Haziran 2013 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 10 Ocak 2008.
  2. Matys V, Kel-Margoulis OV, Fricke E, Liebich I, Land S, Barre-Dirrie A, Reuter I, Chekmenev D, Krull M, Hornischer K, Voss N, Stegmaier P, Lewicki-Potapov B, Saxel H, Kel AE, Wingender E (2006). "TRANSFAC® and its module TRANSCompel:® transcriptional gene regulation in eukaryotes". Nucleic Acids Res. 34 (Database issue). ss. D108-10. doi:10.1093/nar/gkj143. PMID 16381825. 10. harf sırasında bulunan |yazar= parametresi line feed character içeriyor (yardım)
  3. "TRANSFAC® database". 3 Mart 2016 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 10 Ocak 2008.
This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.