Kütle spektrometrisi yazılımları listesi

Kütle spektrometresi yazılımı, kütle spektrometresinde veri toplama,[1] analizi veya temsil için kullanılan bir yazılımdır.

Proteomik yazılımı

Protein kütle spektrometrisinde, protein/peptit tanımlaması için ardışık kütle spektrometrisi (MS/MS veya MS2 olarak da bilinir) deneyleri kullanılır. Peptit tanımlama algoritmaları iki geniş sınıfa ayrılır: veritabanı araması ve de novo arama. İlk arama, analiz edilen örnekte mevcut olduğu varsayılan tüm amino asit sekanslarını içeren bir veri tabanına karşı gerçekleştirilirken, ikincisi, genomik veri bilgisi olmadan peptit sekanslarını ortaya çıkarır.

Veritabanı arama algoritmaları
İsim Tip Açıklama
ProSightPC ve ProSightPD Tescilli ProSightPC/PD, UniProt'tan türetilmiş veritabanlarına karşı peptit ve protein ardışık kütle spektrometresi verilerini aramak için yazılım araçlarıdır.
TopPIC Açık kaynak TopPIC (Top-down mass spectrometry based Proteoform Identification and Characterization/Üst-alt kütle spektrometrisi tabanlı Proteoform Tanımlama ve Karakterizasyon), bir protein dizisi veritabanına karşı üst-alt ardışık kütle spektrumlarını araştırarak proteom düzeyinde proteoformları tanımlar ve karakterize eder. TopPIC, MS-Align + 'ın halefidir. Mutasyonlar ve translasyon sonrası modifikasyonlar (post-translational modifications-PTM) gibi beklenmedik değişiklikler içeren proteoformları verimli bir şekilde tanımlar, tanımlamaların istatistiksel önemini doğru bir şekilde tahmin eder ve bilinmeyen kütle kaymalarıyla rapor edilen proteoformları karakterize eder. Hızı, duyarlılığı ve doğruluğu artırmak için indeksler, spektral hizalama, jenerasyon işlevi yöntemleri ve modifikasyon tanımlama skoru (MIScore) gibi çeşitli teknikler kullanır.[2]
TopMG Açık kaynak TopMG (Kütle Grafiklerini kullanarak üst-alt kütle spektrometresi tabanlı proteoform tanımlama/Top-down mass spectrometry based proteoform identification using Mass Graphs) bir protein dizisi veritabanına karşı üst-alt ardışık kütle spektrumlarını arayarak ultra-modifiye proteoformları tanımlamak için kullanılan bir yazılım aracıdır.[3]
Andromeda (MaxQuant' ın bir parçası olarak) Freeware Andromeda, olasılıksal puanlamaya dayalı bir peptit arama motorudur. Proteom verilerinde Andromeda, hedef tuzak aramalarına dayalı duyarlılık ve özgüllük analizi ile değerlendirilen, yaygın olarak kullanılan ticari bir arama motoru olan Mascot kadar iyi performans gösterir. Andromeda bağımsız olarak çalışabilir veya MaxQuant'a entegre edilebilir. Bu kombinasyon, bir masaüstü bilgisayarda büyük veri kümelerinin analizini sağlar. Birlikte parçalanmış peptitlerin tanımlanması, tanımlanan peptitlerin sayısını iyileştirir. Andromeda Jürgen Cox ve diğerleri tarafından Max Planck Biyokimya Enstitüsü'nde geliştirildi.[4]
Byonic Tescilli Byonic, 2011 yılında Protein Metrics Inc. tarafından PARC'ta orijinal geliştirmelerle yayınlanan veritabanı arama algoritmasıdır.[5] Her tür cihazdan MS/MS verilerini arar ve dahili olarak Combyne programını kullanır.[6] Combyne, protein skorları ve tanımlama olasılıkları oluşturmak için peptit tanımlamalarını birleştirir.
Comet Açık kaynak Washington Üniversitesi'nde Windows ve Linux için geliştirilmiş bir veritabanı arama algoritmasıdır.[7]
Tide (Crux' un yeniden yazılmış hali) Açık kaynak Tide, peptitleri ardışık kütle spektrumlarından tanımlamak için bir araçtır. Tide' ın atası Crux' tur, ancak Tide, SEQUEST XCorr puanlarını tam olarak kopyalarken hızda bin kat artış sağlamak için tamamen yeniden tasarlandı. Washington Üniversitesi'nde geliştirildi.[8]
Greylag Açık kaynak Stowers Institute for Medical Research'te geliştirilen veritabanı arama algoritması, yüzlerce düğüme sahip bilgisayar kümelerinde büyük aramalar yapmak için tasarlanmıştır.
InsPecT Açık kaynak Kaliforniya Üniversitesi, San Diego'daki Center for Computational Mass Spectrometry' de (Hesaplamalı Kütle Spektrometresi Merkezi) bulunan bir MS hizalama arama algoritması[9]
Mascot Tescilli Gözlemlenen ve öngörülen peptid parçaları arasındaki eşleşmelerin istatistiksel bir değerlendirmesi yoluyla kütle spektrometresi veri analizi gerçekleştirir.[10]
MassMatrix Freeware MassMatrix, ardışık kütle spektrometrik verileri için bir veritabanı arama algoritmasıdır. Peptit ve protein eşleşmelerini sıralamak için kütle doğruluğuna duyarlı olasılıklı bir puanlama modeli kullanır.
MassWiz Açık kaynak Institute of Genomics and Integrative Biology'de geliştirilen bir arama algoritmasıdır. Windows komut satırı aracı olarak mevcuttur.
MS-GF + Açık kaynak MS-GF+ (aka MSGF+ veya MSGFPlus) bir protein dizisi veritabanından türetilen peptitlere karşı MS/MS spektrumlarını puanlayarak peptit tanımlaması yapar. HUPO PSI standart giriş dosyasını (mzML) destekler ve sonuçları mzIdentML formatında kaydeder, ancak sonuçlar kolaylıkla TSV'ye dönüştürülebilir. ProteomeXchange, MS-GF+ arama sonuçlarını kullanarak Tam veri gönderimini destekler.
MSFragger Freeware Verimli fragmant iyon indekslemesine dayalı hızlı veri tabanı araması yapma yeteneğine sahiptir. Geleneksel veritabanı aramalarına ek olarak translasyon sonrası modifikasyon keşfi, O ve N bağlantılı glikoproteomik aramaları, yarı enzimatik ve enzimatik olmayan aramalar için açık (kitlesel toleranslı) aramalar yapabilir. Michigan Üniversitesi'nde geliştirildi.
MyriMatch Açık kaynak Vanderbilt Üniversitesi Tıp Merkezi'nde geliştirilen veritabanı arama programı, tek bir bilgisayar ortamında veya tüm işlem düğümleri kümesinde çalışmak üzere tasarlanmıştır.[11]
MS-LAMP Açık kaynak Lipidlerin elektrosprey iyonizasyon (ESI) ve/veya matris destekli lazer desorpsiyonu ve iyonizasyonu (MALDI) kütle spektrometrik verilerinin yorumlanmasına yardımcı olan bağımsız bir yazılım.[12]
OMSSA Freeware OMSSA (The Open Mass Spectrometry Search Algorithm) bilinen protein dizilerinin kitaplıklarını arayarak MS/MS peptit spektrumlarını tanımlamak için etkili bir arama motorudur.
PEAKS DB Tescilli Bu veritabanı arama motoru, arama sonuçlarını otomatik olarak doğrulamak için de novo dizileme ile paralel çalışır.[13]
pFind Freeware pFind Studio, kütle spektrometrisi tabanlı proteomik için bilgisayarlı bir çözümdür.
Phenyx Tescilli Geneva Bioinformatics (GeneBio) ve Swiss Institute of Bioinformatics (SIB) kurumlarının işbirliği ile geliştirilmiştir. Phenyx, her tür alet, enstrümantal kurulum ve genel numune işlemleri için uyarlanabilen puanlama şemaları oluşturmak ve optimize etmek için bir istatistiksel puanlama modelleri ailesi olan OLAV'ı içerir.[14]
ProbID Açık kaynak PI, ardışık kütle spektrumunun analizi için güçlü bir araç takımıdır. ProbID, ardışık kütle spektrumunun derin analizine (fragmantasyon kuralları, bölünme tercihi, nötral kayıplar vb.) olan ihtiyacı karşılamaya çalışır.[15]
ProLuCID Freeware ProLuCID hızlı ve hassas bir tandem kütle spektrumuna dayalı protein tanımlama programıdır..[16]
ProteinPilot Software Tescilli
Protein Prospector Açık kaynak Protein Prospector, California San Francisco Üniversitesi'nde geliştirilen yaklaşık yirmi proteomik analiz aracından oluşan bir pakettir.
RAId Robust Accurate Identification (RAId), ardışık kütle spektrometresi verilerini doğru istatistiklerle analiz etmeye yönelik bir proteomik araçlar paketidir.[17]
SEQUEST Tescilli Ardışık kütle spektrumlarının koleksiyonlarını veri tabanlarından üretilen peptid sekanslarına tanımlar.[18]
SIMS Açık kaynak SIMS, ardışık kütle spektrumları üzerinde sınırsız PTM araması yapmak için bir yazılım aracı tasarımıdır.[19]
SimTandem Freeware LC/MS/MS verilerinden peptit dizilerinin tanımlanması için bir veritabanı arama motoru; motor, OpenMS/TOPP' de ek bir araç olarak kullanılabilir.[20]
SQID Açık kaynak SeQuence IDentification (SQID), ardışık kütle spektrometresi için yoğunluğa bağlı bir protein tanımlama algoritmasıdır.
X!Tandem Açık kaynak Ardışık kütle spektrumlarını peptid dizileriyle eşleştirir.
WsearchVS2020 Freeware Ticari MS cihazlarında elde edilen spektrumları görüntüleyebilen veri analiz yazılımı. NIST ticari veritabanını da arayabilir/eşleştirme yapabilir

De novo dizileme algoritmaları

De novo peptit dizileme algoritmaları, genel olarak, Bartels ve ark. (1990) eserinde önerilmiş olan yaklaşımın üzerine kuruludur.[21]

İsim Tür
CycloBranch açık kaynak
DeNovoX Tescilli
DeNoS
Lutefisk açık kaynak
Novor Tescilli

akademik araştırma için ücretsiz

PEAKS Tescilli
Supernovo Tescilli

Homoloji arama algoritmaları
İsim Tür Açıklama
MS-Homology açık kaynak MS-Homology, Protein Prospector paketindeki bir veritabanı arama programıdır.
SPIDER Tescilli SPIDER algoritması, protein ve peptit tanımlama amacıyla veri tabanı dizileri ile hatalı dizi etiketlerini eşleştirir ve PEAKS kütle spektrometresi veri analiz yazılımı ile birlikte kullanılabilir.

MS/MS peptit kuantifikasyonu
İsim Tür
MarkerView Software Tescilli
Mascot Distiller Tescilli
Mascot Server Tescilli
MassChroQ açık kaynak
MaxQuant ücretsiz yazılım
MultiQuant Software Tescilli
OpenMS/TOPP açık kaynak
OpenPIP web sitesi

açık erişim

ProtMax ücretsiz yazılım
Spectronaut Tescilli
Skyline açık kaynak
SWATH Software 2.0 Tescilli
BACIQ açık kaynak

Diğer yazılımlar
Name Type
HIquant Açık kaynak
TopFD Açık kaynak
ArtIST by Clover Biosoft Tescilli
Advanced Chemistry Development Tescilli
Analyst Tescilli
AnalyzerPro Tescilli
CFM-ID Açık kaynak
Chromeleon Tescilli
Crosslinx Açık kaynak
DeNovoGUI Açık kaynak
Easotope Açık kaynak
[El-MAVEN] Açık kaynak
ESIprot
Expressionist Tescilli
KnowItAll Spectroscopy Software & Mass Spectral Library Tescilli
LabSolutions LCMS Tescilli
Mass++ Açık kaynak
MassBank.jp Website
MassBank.eu Website
MassBank Açık kaynak
MassCenter Tescilli
Mass Frontier Tescilli
MassLynx Tescilli
MassMap Tescilli
Mass-Up Açık kaynak
massXpert Açık kaynak GPL
METLIN Database and Technology Platform Tescilli
mineXpert Açık kaynak GPL
mMass Açık kaynak
MolAna
ms2mz Freeware
MSGraph Açık kaynak
MSight Freeware
MSiReader Freeware
mspire Açık kaynak
MSqRob Açık kaynak
Multimaging
multiMS-toolbox Açık kaynak
mzCloud Website
MZmine 2 Açık kaynak
OmicsHub Proteomics
OpenChrom Açık kaynak
ORIGAMI Açık kaynak
PatternLab Freeware
pyOpenMS Açık kaynak
SIM-XL Freeware
Peacock Açık kaynak
PeakInvestigator Tescilli
Pinnacle Tescilli
PIQMIe Web
POTAMOS Açık kaynak
ProMass Tescilli
PROTRAWLER
ProteoIQ Tescilli
Proteomatic Freeware
ProteomicsTools Açık kaynak
ProteoWizard Açık kaynak
ProteoWorker Tescilli
Provision Açık kaynak
pymzML Açık kaynak
Pyteomics Açık kaynak
Quantem
Quantinetix
Rational Numbers Excel Add-In Tescilli
Rational Numbers Search Tescilli
REGATTA
RemoteAnalyzer Tescilli
Scaffold Tescilli
SCIEX OS Tescilli
SCiLS Lab
SimGlycan Tescilli
SIMION Tescilli
Spectrolyzer
Spectromania Tescilli
StavroX Freeware
Swiss Mass Abacus Açık kaynak
TOF-DS Tescilli
TurboMass Tescilli
Trans-Proteomic Pipeline (TPP) Açık kaynak
Universal Mass Calculator
VIPER
Xcalibur Tescilli
XCMS Online (Cloud-Based) Tescilli

Kaynakça
  1. Cree (Kasım 2019). "Effect of elevated temperature on eggshell, eggshell powder and eggshell powder mortars for masonry applications". Journal of Building Engineering. 26: 100852. doi:10.1016/j.jobe.2019.100852. ISSN 2352-7102.
  2. kou (2016). "TopPIC: a software tool for top-down mass spectrometry-based proteoform identification and characterization". Bioinformatics. 32 (22): 3495-3497. doi:10.1093/bioinformatics/btw398. ISSN 1460-2059. PMC 5181555 $2. PMID 27423895.
  3. kou (2017). "A mass graph-based approach for the identification of modified proteoforms using top-down tandem mass spectra". Bioinformatics. 33 (9): 1309-1316. doi:10.1093/bioinformatics/btw806. ISSN 1460-2059. PMC 5860502 $2. PMID 28453668.
  4. Cox (2011). "Andromeda: A Peptide Search Engine Integrated into the MaxQuant Environment". Journal of Proteome Research. 10 (4): 1794-1805. doi:10.1021/pr101065j. ISSN 1535-3893. PMID 21254760.
  5. Bern (2007). "Lookup Peaks: A Hybrid of de Novo Sequencing and Database Search for Protein Identification by Tandem Mass Spectrometry". Analytical Chemistry. 79 (4): 1393-1400. doi:10.1021/ac0617013. PMID 17243770.
  6. Bern (2008). "Improved Ranking Functions for Protein and Modification-Site Identifications". Journal of Computational Biology. 15 (7): 705-719. doi:10.1089/cmb.2007.0119. PMID 18651800.
  7. Eng (2013). "Comet: An open-source MS/MS sequence database search tool". Proteomics. 13 (1): 22-24. doi:10.1002/pmic.201200439. ISSN 1615-9853. PMID 23148064.
  8. Diament (2011). "Faster SEQUEST Searching for Peptide Identification from Tandem Mass Spectra". Journal of Proteome Research. 10 (9): 3871-3879. doi:10.1021/pr101196n. ISSN 1535-3893. PMC 3166376 $2. PMID 21761931.
  9. "Inspect and MS-Alignment".
  10. Perkins (1999). "Probability-based protein identification by searching sequence databases using mass spectrometry data". Electrophoresis. 20 (18): 3551-67. doi:10.1002/(SICI)1522-2683(19991201)20:18<3551::AID-ELPS3551>3.0.CO;2-2. PMID 10612281.
  11. Tabb (2007). "MyriMatch:  Highly Accurate Tandem Mass Spectral Peptide Identification by Multivariate Hypergeometric Analysis". Journal of Proteome Research. 6 (2): 654-61. doi:10.1021/pr0604054. PMC 2525619 $2. PMID 17269722.
  12. Sabareesh (2013). "Mass spectrometry based lipid(ome) analyzer and molecular platform: a new software to interpret and analyze electrospray and/or matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometric data of lipids: a case study from Mycobacterium tuberculosis". Journal of Mass Spectrometry. 48 (4): 465-477. doi:10.1002/jms.3163. ISSN 1096-9888. PMID 23584940.
  13. Liang, C; Smith, JC; Hendrie, Christopher (2003). "A Comparative Study of Peptide Sequencing Software Tools for MS/MS".
  14. Colinge (2003). "OLAV: Towards high-throughput tandem mass spectrometry data identification". Proteomics. 3 (8): 1454-63. doi:10.1002/pmic.200300485. PMID 12923771.
  15. Zhang (2006). "A novel scoring schema for peptide identification by searching protein sequence databases using tandem mass spectrometry data". BMC Bioinformatics. 7 (1): 222. doi:10.1186/1471-2105-7-222. ISSN 1471-2105. PMC 1463009 $2. PMID 16638152.
  16. Xu (2015). "ProLuCID: An improved SEQUEST-like algorithm with enhanced sensitivity and specificity". Journal of Proteomics. 129: 16-24. doi:10.1016/j.jprot.2015.07.001. ISSN 1874-3919. PMC 4630125 $2. PMID 26171723.
  17. Alves (2007). "RAId_DbS: peptide identification using database searches with realistic statistics". Biol Direct. 2: 25. doi:10.1186/1745-6150-2-25. PMC 2211744 $2. PMID 17961253.
  18. Jimmy K. Eng (1994). "An Approach to Correlate Tandem Mass Spectral Data of Peptides with Amino Acid Sequences in a Protein Database". J Am Soc Mass Spectrom. 5 (11): 976-989. doi:10.1016/1044-0305(94)80016-2. PMID 24226387.
  19. Hricovíni (1991). "Nuclear overhauser effects and the flexibility of saccharides: methyl β-xylobioside". Carbohydrate Research. 210: 13-20. doi:10.1016/0008-6215(91)80109-Z. ISSN 0008-6215. PMID 1878875.
  20. Novak (2013). "On Comparison of SimTandem with State-of-the-Art Peptide Identification Tools, Efficiency of Precursor Mass Filter and Dealing with Variable Modifications". Journal of Integrative Bioinformatics. 10 (3): 1-15. doi:10.1515/jib-2013-228.
  21. Bartels (31 Mayıs 1990). "Fast algorithm for peptide sequencing by mass spectroscopy". Biological Mass Spectrometry. 19 (6): 363-368. doi:10.1002/bms.1200190607. PMID 24730078.

Dış bağlantılar
This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.