Yanaştırma (moleküler)

Moleküler modelleme alanında, yanaştırma, bir molekülün ikinci bir moleküle kararlı bir kompleks oluşturmak için birbirine bağlandığında bağlandığında tercih ettiği oryantasyonu tahmin eden bir yöntemdir. Tercih edilen oryantasyon bilgisi iki molekül arasındaki birleşme veya bağlanma afinitesini tahmin etmek için kullanılabilir.

Kararlı bir kompleks üreten bir protein hedefine (siyah) küçük bir molekül ligandının (yeşil) yanaştırılmasının şematik gösterimi.

Proteinler, peptitler, nükleik asitler, karbonhidratlar ve lipitler gibi biyolojik açıdan alakalı moleküller arasındaki ilişkiler sinyal iletiminde merkezi bir rol oynar. Ayrıca, etkileşen iki partnerin nispi oryantasyonu üretilen sinyalin türünü etkileyebilir (örn. Agonizm ve antagonizm). Bu nedenle yanaştırma, üretilen sinyalin hem kuvvetini hem de tipini tahmin etmek için yararlıdır.

Moleküler yanaştırma, küçük moleküllü ligandların uygun hedef bağlanma bölgesine bağlanma-konformasyonunu tahmin etme kabiliyeti nedeniyle yapıya dayalı ilaç tasarımında en sık kullanılan yöntemlerden biridir. Bağlanma davranışının karakterizasyonu, ilaçların rasyonel tasarımında ve temel biyokimyasal süreçlerin aydınlatılmasında önemli bir rol oynamaktadır.